Ο μέσος θεωρητικός κίνδυνος μόλυνσης κατά την πρώτη εβδομάδα είναι 1 στις 5000. Οι περισσότερες μολύνσεις αντιμετωπίζονται ενώ σε βάθος χρόνου, ο κερατόκωνος είναι μία σοβαρή επιπλοκή, που πλέον ελέγχεται με άλλη επέμβαση.

Η ξηροφθαλμία είναι αναμενόμενη, ειδικά στο LASIK, σιγά-σιγά όμως αποκαθίσταται. Τα νυχτερινά οπτικά φαινόμενα (στεφάνια, ακτίνες, θάμβος στους προβολείς) έχουν βελτιωθεί με τα σύγχρονα laser και την τεχνολογία wavefront.

Σε περίπτωση τραυματισμού, το μάτι που έχει κάνει LASIK είναι πιο ευαίσθητο, ειδικά όσο η επέμβαση είναι πρόσφατη. Μπορεί να εγίνουν πτυχώσεις κάτι που διορθώνεται πάλι στην χειρουργική αίθουσα. Με το PRK/LASEK είναι σαν να μην έχει γίνει επέμβαση γι’αυτό και προτιμώνται σε αθλητές που έχουν μεγάλη πιθανότητα τραυματισμού στα μάτια.