Κάθε άνθρωπος βιώνει τον πόνο διαφορετικά. Στο συμβατικό LASIK, ο ασθενής αισθάνεται μόνο σαν να έχει μπει άμμος στα μάτια του για 2 περίπου ώρες.

Εάν έχει γίνει η τομή με το femtosecond laser (all- laser-LASIK), οι ενοχλήσεις είναι πιο έντονες (τσούξιμο), και επίσης διαρκούν για λίγες ώρες.

Το LASEK μπορεί να δημιουργήσει τσούξιμο για λίγες ώρες, ενώ το PRK δημιουργεί πιο έντονες ενοχλήσεις, οι οποίες όμως υποχωρούν με τα φάρμακα και τα κολλύρια.

Στο PRK και το LASEK τοποθετούνται φακοί επαφής, οι οποίοι μπορεί να σφίγγουν και να ενοχλούν αν αφυδατωθούν.

Οι φακοί αφαιρούνται μετά από 4 με 7 ημέρες. Με το LASEK ο πόνος είναι πολύ λιγότερος και έτσι μετριάζεται το κυριότερο μειονέκτημα του PRK.